Può sembrare strano, ma i motori di ricerca assegnano una grande importanza, nel valutare le pagine web, alla organizzazione generale dei files che costituiscono il sito. L'aspetto contenutistico è, infatti, assolutamente prevalente rispetto a quello grafico. Questo aspetto si rispecchia anche nella nomenclatura di tutti i files che componogno il sito.

I nostri clienti, spesso, dispongono già di un proprio sito web. Il web designer ha come obiettivo la soddisfazione del proprietario del dominio, quindi punta molto su dettagli grafici di grande impatto visivo. La struttura del sito risponde quindi spesso alle esigenze di organizzazione logica del sito che sono in netto contrasto con gli algoritmi di classificazione dei motori di ricerca. Spesso i nomi dei files utilizzano locuzioni del tutto generiche, come ad esempio il termine "prodotti". Google, Altavista, Yahoo e gli altri, scansionano, ogni giorno, milioni di pagine che presentano la locuzione generica "prodotti".

Il risultato è che il motore di ricerca non troverà pertinente il termine "prodotti" con qualsiasi ricerca merceologica un potenziale cliente stia effettuando. Fondamentale diviene allora rendere pertinente la nomenclatura di tutta la filestica con le keywords che definiscono l'obiettivo di marketing del sito. A questo scopo, è spesso necessario riscrivere ex-novo il sito, modificando ogni singolo elemento pur mantenendo l'aspetto esteriore invariato. anche la nomenclatura delle varie directory in cui è strutturato un sito riveste un ruolo fondamentale. Occorre però precisare che i motori di ricerca considerano più importanti per l'indicizzazione i files che compaiono nella directory principale (root) rispetto a quelli sparsi nelle varie sottodirectory.

L'altro aspetto importantissimo che i web designer solitamente ignorano è quello della velocità di caricamento della pagina web. Sempre allo scopo di colpire il potenziale cliente con effetti animati, il web designer abbonda in animazioni, grafica, menù interattivi e script. Questo rende la rapidità di caricamento della pagina molto bassa. I motori di ricerca considerano che la maggior parte dei propri utenti si stufa ad aspettare il caricamento di mirabolanti animazioni e abbandona il sito proposto per cercarne uno che appaia più in fretta. I motori quindi penalizzano i siti lenti nel download.